Forscher sind immer noch dabei, herauszufinden, welche Stämme und Kombinationen der Bakterien was bewirken. Dennoch behaupten Hersteller bereits, Probiotika (Lebens- und Nahrungsergänzungsmittel, die lebende Bakterien enthalten) würden entzündliche Darmerkrankungen und das Reizdarmsyndrom lindern. Da Probiotika in den meisten Ländern nicht als Medikamente gelten, sind solche Versprechungen legal.

Die US-amerikanische gastroenterologische Vereinigung kam nach Überprüfung aller relevanten Studien zu dem Schluss, dass bestimmte Probiotika in manchen Fällen helfen können. Dazu zählen die Prävention von nekrotisierender Enterokolitis (eine entzündliche Darmerkrankung bei Frühgeborenen), die Verringerung des Risikos einer Clostridioides-difficile-Infektion bei Antibiotika-Einnahme und die Behandlung einer Pouchitis (Komplikation bei der Operation einer Dickdarmentzündung). Darüber hinaus gibt es bislang keine ausreichenden Belege, um Probiotika zur Behandlung weiterer Darmerkrankungen zu empfehlen. Die Darmflora lässt sich mithilfe ballaststoffreicher Nahrung wie Obst, Gemüse und Vollkornprodukten gesund halten.