Die Wirkstoffe töten aber stets zusätzlich auch viele harmlose oder gar wichtige Keime, vor allem im Darm. Daher ist Durchfall eine häufige Nebenwirkung. Offenbar erhöht sich durch Antibiotika auch das Risiko für Nahrungsmittelallergien bei Kleinkindern: Erhalten Säuglinge ein Antibiotikum, scheint das die Entwicklung der wichtigen Darmkeime empfindlich zu stören: Unter 500.000 untersuchten Kindern erkrankten in einer Studie diejenigen, die im ersten Lebensjahr Antibiotika bekommen hatten, mit einem um 84 % höheren Risiko an einer Allergie gegen beispielsweise Nüsse, Eier, Fisch oder Milch als die Vergleichsgruppe. Eine vielseitige Bakterienflora im Darm ist nämlich wichtig für die gesunde Entwicklung des Immunsystems als Schutz vor einer Allergie.

Antibiotika sind oft sehr hilfreich, aber sollten vor allem im Säuglingsalter nicht leichtfertig eingesetzt werden. Diese Studie liefert einen weiteren Grund für diese Vorsicht.